Para importar as notas que não aparece no savmais, você pode utilizar o recurso importar os arquivos da notas Xml, porem o arquivo com as notas precisa estar zipados para realizar a importação se for mais de 2 arquivos xml, se for apenas 1 não precisa zipar.
Entre na tela NFe > importação xml e clique em importar.
Clique em selecionar o arquivo ( selecione o arquivo xml desejado ou arquivo zipado) > na descrição descreve o nome titulo do arquivo > e clique em cadastrar.
Aguarde a atualização da coluna status para processado. Após isso é só entrar na tela da NFe > notas manifestadas .